Neste contexto particular, a contaminação cruzada, ou recontaminação, merece ênfase, dado que a transmissão de microrganismos entre distintos alimentos representa um dos maiores perigos alimentares, por vezes negligenciado, e que compromete a segurança que até então foi protegida, representando a principal causa das intoxicações alimentares. De fato, microrganismos patogênicos presentes mesmo em baixo nível num alimento podem, ao ser transmitidos para outra matriz alimentar, encontrar as condições de desenvolvimento que privilegiam e, num curto espaço de tempo, desencadear uma infecção alimentar.

Esse tipo de contaminação alimentar verifica-se, sobretudo, através de uma manipulação humana incorreta que permite o contato direto entre alimentos e/ou por ação de utensílios (ex.: facas, tábuas, etc.) que contatam entre si. Salienta-se que a contaminação cruzada, ou recontaminação, pode ocorrer:

- Entre alimentos crus: ocorre frequentemente entre alimentos de origem vegetal (ex.: legumes) e alimentos de origem proteica, nomeadamente carne, aves e peixe. Existem microrganismos que predominam nos legumes e encontram nos alimentos de origem animal uma oportunidade para se desenvolver até níveis capazes de propiciar a doença se não forem cozinhados por um período de tempo, em temperatura adequada, capaz de os eliminar (exemplo: alface que decora carne ou peixe expostos num restaurante);

- Entre alimentos crus e cozidos: geralmente verifica-se por contato entre superfícies e utensílios contaminados na preparação culinária. Ocorre frequentemente na geladeira quando os alimentos se encontram expostos ao ar (exemplo: carne descongelando liberta sucos que vão alcançar uma carne assada que não será devidamente reaquecida);

- Entre pontos de contato mal higienizados e os alimentos (crus ou cozidos): acontece quando um alimento entra em contato com uma área que esteja contaminada por deficientes condições de higiene. Por exemplo, uma pessoa que manuseia um alimento sem lavagem de mãos prévia. A intoxicação alimentar poderá acontecer se o alimento for então armazenado na geladeira, permitindo o desenvolvimento microbiológico, e depois for indevidamente reaquecido ou preparado.